Deniz suyu pompasının çalışma prensibi normal su pompasına benzer. Pervanenin dönmesiyle oluşan merkezkaç kuvveti, sıvıyı pervanenin ortasından kenarına doğru iter ve aynı anda sıvının istenen konuma iletilmesi için basınç üretir. Spesifik süreç aşağıdaki gibidir:
Pervane Dönüşü: Bir motor tarafından tahrik edilen pervane döner ve pervane üzerindeki kanatlar sıvıyı iter.
Santrifüj Kuvveti Üretimi: Pervanenin merkezinde bulunan sıvı, pervanenin dönmesi nedeniyle merkezkaç kuvveti oluşturarak onu pervane kenarına doğru fırlatır.
Basınç İletimi: Çark kenarındaki sıvı basınç altında basma borusundan geçerek istenilen yere iletilir.
Sıvı Emişi: Pervanenin merkezindeki sıvı çekildiğinde, pervane girişinde bir vakum veya düşük-basınç durumu oluşturulur. Emme tankındaki sıvı daha sonra atmosferik veya hidrolik basınç altında pervane girişine zorlanır, böylece sıvı sürekli olarak içeri çekilir ve boşaltılır.